La Fondazione nasce su iniziativa degli eredi del noto studioso trevigiano, già all'indomani della sua scomparsa, avvenuta nel 1981, con lo scopo di non disperdere i risultati di una vita di studio e passione per il patrimonio culturale, artistico e paesaggistico del Veneto. Si costituisce ufficialmente 1986 con atto pubblico vedendo la partecipazione in qualità di soci fondatori, oltre agli eredi Mazzotti, del Comune, della Provincia e della Camera di Commercio di Treviso ed avendo come scopo la gestione dei fondi bibliografici e documentali ereditati dal celebre studioso trevigiano e il proseguimento della sua opera a vantaggio del patrimonio storico, artistico e demoetnoantropologico del Veneto.
La Fondazione pertanto gestisce e mette a disposizione del pubblico un lascito di oltre 13.000 volumi, ai quali si aggiungono le raccolte di periodici e l'archivio personale di Giuseppe Mazzotti e la straordinaria fototeca, che raccoglie una documentazione unica sul territorio e sulle Ville Venete, ricca di oltre 120.000 immagini. La Fondazione svolge inoltre attività di divulgazione scientifica attraverso la stampa dei "Quaderni della Fondazione Mazzotti", nonché organizza annualmente, autonomamente o in collaborazione con altri enti, incontri pubblici a carattere di convegno, seminario, tavola rotonda o mostra.